Para executar seu cenário, a Seele criara uma organização-filha chamada Gehirn ("cérebro", em alemão), chefiada por Rokubungi Gendou. Em outono de 1999, na Universidade de Kyoto, Gendou conhece dois cientistas de sua área (bioengenharia): Ikari Yui e o Prof. Fuyutsuki Kouzo. Gendou eventualmente se casa com Yui, passando a se chamar Ikari Gendou. Assim, Yui se junta à Seele. Os dois passam a trabalhar no Instituto de Pesquisa de Evolução Artificial da ONU, fachada da Gehirn.
O Japão está sofrendo de uma estação única; é verão o ano todo. Com isso, a população de cigarras vem aumentando e são ouvidas o dia todo. Para substituir a capital devastada, em 2001 o Governo Provisório do Japão começou a construção da cidade de Tokyo-2 (DaiNi-Shin-TouKyou-Shi, ou segunda cidade de nova Tóquio), na região de Matsushiro, na Prefeitura de Nagano. A cidade só viria a adquirir todas as funcionalidades apropriadas de uma capital em 2003.
2002. A ONU envia uma Fragata de Exploração do Pólo Sul para "descobrir a causa do incidente". Na verdade, a equipe era constituída quase totalmente de membros da Seele (não necessariamente os 12 cabeças). Para manter as aparências, Gendou convoca Fuyutsuki, a quem conta sobre seu casamento e seu recém-nascido filho. Fuyutsuki sempre soube da relação dos dois, mas isso nunca o agradou pois é apaixonado por Yui. Fuyutsuki diz não gostar de como a Seele manipula o Comitê Supremo da ONU. No Segundo Instituto de Isolamento do navio, Fuyutsuki conhece Katsuragi Misato, a única sobrevivente da Expedição Katsuragi. Foi salva pelo seu pai, o autor da teoria do S², e desde então não fala uma palavra.
A
expedição constata que a Antártida deu lugar a um mar
avermelhado; está como o Mar Morto: um mundo puro, sem a
impureza do pecado original. Fuyutsuki fica sabendo do
gigante de luz, cuja origem é dita desconhecida. Também
vê a fotografia de satélite de Lua Branca tirada na véspera
do Segundo Impacto, com a observação de que parece ter
sido criada no momento do Impacto Gigante.
Fuyutsuki lê nos jornais: "Publicação oficial da ONU: uma chuva massiva de meteoros a 10% da velocidade da luz causou o Segundo Impacto colidindo com a montanha de Markam. Evaão impossível: chance estimada de uma em cem milhões." "ONU transfere base ao Japão." Na foto da ONU, aparece Keel com óculos escuros no fundo. Fuyutsuki fica indignado com a mentira da ONU e passa a investigar Gendou.
Em Hakone, uma cidade de veraneio no sopé do monte Fuji, na margem do lago Ashino, foi descoberta a caverna hemisférica que é o que restou da Lua Negra. Sua base é uma superfície perfeitamente circular; parte dessa superfície está submersa. A descoberta dessa estrutura parecer ser a razão da mudança da sede da ONU para o Japão. Essa nova sede, a propósito, fica na região de Matsushiro, que também engloba Tokyo-2. O local foi escolhido pois no seu subterrâneo existe um complexo militar inacabado, que data da Segunda Guerra. Esse complexo consiste de duas porções: uma área "funcional" que consiste de uma rede de túneis de várias centenas de metros e de quarto imperial completo separado, com templo e túnel de fuga de emergência. O complexo foi construído quando o Japão começou a sofrer bombardeios, já com a intenção de substituir Tóquio como sede de governo se necessário.
Em Hakone são construídos os Laboratórios
de Evolução Artificial, e seus esforços estão
concentrados na construção da base da Gehirn dentro da
caverna, que foi batizada de Geo-Front. A estrutura
principal da base será uma enorme estrutura em forma de
pirâmide, chamada Dogma Central. Haverá também instalações
subterrâneas de acesso restrito, chamadas Dogma Terminal
(assemelha-se a um poço). A luz entra por "clarabóias"
feitas na base rochosa de Hakone e é refletida por
espelhos que revestem as paredes da cavidade. Uma
floresta é plantada em torno do Dogma, e uma fragata é
posta de guarda no lago.
Em Biologia, o Dogma Central é o irreversível fluxo de informação que ocorre na transformação DNA -> RNA -> proteína através dos processos de transcrição e tradução, respectivamente.
Fragatas têm a velocidade e a manobrabilidade de um destróier e podem ser usadas para propósitos anti-aéreo, anti-submarino e de patrulhamento de alerta.
2003. Fuyutsuki vai aos Laboratórios de Evolução Artificial. Na entrada topa com Yui, mas a trata com frieza. Dirige-se à sala do Chefe de Pesquisas, que é ninguém menos que Gendou. Fuyutsuki foi tirar satisfações com ele não apenas por ter ocultado a verdade mas também pelos gastos absurdos que descobriu. Ameaçou denunciar Gendou, mas este sequer se abalou. "Antes disso, quero te mostrar algo." Gendou levou Fuyutsuki ao Geo-Front e mostrou as instalações da Gehirn. Fuyutsuki ficou impressionado. Encontraram a Dra. Akagi Naoko,.que projetava o que seria o sistema-núcleo da base e o primeiro biocomputador auto-ciente, o Magi. Gendou leva Fuyutsuki ao local de construção do primeiro Eva, que só tinha cabeça (com cinco olhos), espinha e braços. Fuyutsuki ficou assombrado: "Aquele gigante?" "Não. Aqui em Gehirn chamamos aquele gigante de Adão. Mas este não é o original. Foi criado a partir de Adão pelo homem: o Eva. Nosso projeto para reviver Adão é chamado Projeto-E. Este é o protótipo do sistema, chamado Unidade Eva Zero." "O protótipo de um monstro?" "Fuyutsuki, vamos criar juntos uma nova Gênese para a Humanidade." Fuyutsuki acabou se juntando ao projeto por Yui.
Na Bíblia, os Magi são os três sábios do Oriente que visitaram Cristo no seu nascimento: Gaspar, Baltasar e Melquior. Em alusão a eles, o sistema Magi é composto de três supercomputadores: Magus Melchior-1, Magus Balthasar-2 e Magus Casper-3. Esses computadores orgânicos de sétima geração são os primeiros processadores auto-cientes. Essa característica lhes dá a capacidade de tomar decisões, e a decisão final é tomada após a conferência dos três. Essa auto-ciência é conseguida através de um personality-transplant-OS (sistema operacional a transplante de personalidade), cujo núcleo é o cérebro da própria Naoko clonado. Cada um dos Magi têm digitalizados um dos seus padrões lógicos de pensamento: como mulher, cientista e mãe, respectivamente.
Ramificações da Gehirn são construídas com o propósito de auxiliar a base principal. A primeira é feita em Matsushiro. Cinco outras são feitas no exterior: duas na Alemanha (uma em Berlim), duas nos EUA (uma em Nevada e outra em Massashussetts) e uma na China (em Pequim). Cada uma terá sua própria cópia do Magi quando este tiver sido concluído.