Para compreender o enredo de EVA, é preciso antes estar familiarizado com o mito hebreu da criação. Segundo ele, nada existia no início dos tempos; tudo era um vácuo perfeito, permeado pela luz divina. Essa luz se contraiu, originando a primeira manifestação de Deus, a entidade chamada Adão Kadmon (Homem Primordial). Esse ser deu origem a toda a realidade: é Deus Criador. Este, ou, segundo alguns, os estágios da criação, são representados pelo diagrama sefirótico, composto por 10 círculos ou dígitos (os Sefirots) e 22 caminhos ou letras, indo da Coroa até o Mundo Material. Esse diagrama também é chamado de Árvore da Vida.
O diagrama sefirótico é chamado em EVA de Sephiroth no Ki (árvore de Sephiroth). Segue-se sua descrição segundo o glossário do "Livro da Cruz Vermelha" (um livro vendido durante a exibição de End of Evangelion nos cinemas japoneses). "Um gráfico de símbolos na Cabala (misteriosa seita judaica que se ocupa com as interpretações misteriosas do Torá, entre outras atividades). Representava, como diagrama, a interpretação física das imagens tridimensionais do domínio espiritual. (...) Mostra a rota de como um humano pode atingir o nível espiritual mais alto possível. Ademais, especula-se muitas outras interpretações: como um diagrama passo-a-passo para meditação, como um mapa que mostra o caminho para a sabedoria, ou como uma previsão do futuro da humanidade etc. (...)"
Criado o Mundo Material, Deus procurou criar um ser à sua imagem e semelhança. Então, a partir do fogo fez o exército dos anjos. Mas Deus viu que os anjos não eram a criatura perfeita que buscava, e continuou a criar diversas outras criaturas: os animais. Até que no fim Deus criou a partir do barro o homem, que chamou de Adão (de adama, "terra"). Adão era a única das obras de Deus que tinha o direito de chamá-lo de Pai.
Os anjos terem sido feitos do fogo e o homem ter sido feito do barro é uma metáfora para a natureza espiritual dos anjos em oposição à natureza material do homem.
A Bíblia relata que "Deus tomou o homem e o colocou no jardim de Éden, para que o cultivasse e guardasse. E Deus ordenou ao homem: ‘Você pode comer de todas as árvores do jardim. Mas não pode comer da árvore da ciência do bem e do mal, porque no dia em que dela comer, com certeza você morrerá.’ " (Genesis 2,15-17). Eventualmente o homem e a mulher comeram o proibido fruto da ciência (ChiE no Mi), que roubou-lhes a pureza. Esse foi o Pecado Original. Os humanos foram punidos por Deus: foram reduzidos à estatura atual (sua forma original era gigantesca, como os anjos) e foram expulsos do Éden e amaldiçoados com a dor do parto e o suor do trabalho. Querubins (anjos da segunda ordem mais gloriosa) foram postos na entrada do Éden para guardá-la com suas espadas flamejantes para que o homem não comesse o fruto da vida (SeiMei no Mi), que o concederia a imortalidade, que apenas os anjos possuem.
Eu percebo dessa passagem uma metáfora. Os anjos possuem vida eterna e ciência do Bem e do Mal porque são criaturas espirituais (e espíritos não podem ser destruídos) dotadas de inteligência. O homem na sua criação teria sido mortal e passional, mas acabou por desenvolver inteligência e quis ser igual a Deus, e portanto foi castigado. Porém, em EVA os anjos não possuem o fruto da ciência, e esta é a primeira grande diferença em relação às escrituras antigas. Em EVA, apenas a Árvore da Vida possuía os dois frutos, e a entidade que porventura adquirirsse a ambos tomaria a forma da árvore e ocorreria um novo Impacto.
A mulher de Adão de que o livro bíblico a Gênese nos fala, Eva, foi feita a partir da costela de Adão, o que fazia dos dois uma só carne. Porém, na literatura rabínica, a primeira mulher de Adão foi Lilith (também chamada Lilit ou Lilu), uma mulher feita do mesmo barro que Adão, e portanto igual a ele, ao passo que Eva seria parte dele e portanto a ele submissa. Eva só teria sido criada depois que Lilith deixou Adão por este querê-la submissa. Outra versão do mito conta que o primeiro homem era uma única entidade, macho e fêmea ao mesmo tempo, e Deus o dividiu em dois indivíduos: Adão e Lilith. Os filhos de Lilith são chamados Lilinos. Em EVA, os Lilinos são a própria Humanidade.
Apesar de algumas lendas afirmarem que os Lilinos são os filhos de Lilith com Adão, outras mais conhecidas dizem que são seus filhos com o próprio Samael (o Demônio, também chamado de Lúcifer). Segundo essas lendas, Lilith fugiu de Adão usando seus poderes mágicos para voar, e estabeleceu morada no Mar Vermelho, uma terra maldita habitada por demônios e espíritos malignos. Teria assim afirmado-se como demônio feminino, esposa de Samael, parindo 100 demônios por dia. Porém, estou dando estas informações apenas a título de curiosidade, pois a Lilith de EVA, ao que tudo indica, está no seu estado original de igualdade com Adão.